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计算水分子穿孔过程的能量变化如何恰当设置扫描变量

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KazusaT

发布时间: 2025-10-21 02:05

正文摘要:

各位老师好，最近想要计算一个水分子从杯芳烃类化合物中心穿过的过程的能量变化，如下图所示刚性扫描肯定跟实际过程差距很大，比如实际情况下应该是水与杯芳烃结构的羟基有氢键，水在穿越杯芳烃下方的孔时杯芳 ...

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KazusaT 发表于 Post on 2025-10-21 22:39:50

lanthanum 发表于 2025-10-21 05:05
参见《用Gaussian16中的GIC功能实现翻转过程的势能面扫描》https://mp.weixin.qq.com/s/bs-oJ6EDnFh6y1KDKq ...

好的老师，我学习一下

KazusaT 发表于 Post on 2025-10-21 22:39:22

sobereva 发表于 2025-10-21 04:24
这种情况推荐用NEB方法，CP2K、ORCA等都可以做。固定NEB两个端点image的结构，其中让水分子分别处于孔的上 ...

好的老师，我尝试一下

lanthanum 发表于 Post on 2025-10-21 05:05:34

参见《用Gaussian16中的GIC功能实现翻转过程的势能面扫描》https://mp.weixin.qq.com/s/bs-oJ6EDnFh6y1KDKqwD7A
扫描水里的氧原子到杯芳烃上某三个原子确定的平面的“距离”（从正到负），不要扫描氧原子与杯芳烃几何中心的距离，好处是水分子可以随柔性扫描优化过程自发的贴边走（根据起始位置不同，沿内壁或外壁），而不非得从正中间穿过去。

sobereva 发表于 Post on 2025-10-21 04:24:31

这种情况推荐用NEB方法，CP2K、ORCA等都可以做。固定NEB两个端点image的结构，其中让水分子分别处于孔的上方和下方

参考北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里这个例子，质子穿越石墨烯：

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