求助：去除周期性边界条件后RMSD在后段仍然增高是什么原因？

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发布时间: 2025-10-21 10:15

求助各位大佬，我MD跑的是一个四条链的蛋白，获得了很奇怪的RMSD结果。并且在去除pbc后仍然有很诡异的升高。去除pbc前：使用的代码： gmx trjconv -s MD.tpr -f MD.xtc -pbc nojump -o s1.xtc -n ind ...

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学不会太难啦 发表于 Post on 2025-10-21 10:49:26

tptp 发表于 2025-10-21 10:47
四条链蛋白直接去除周期性之后你观察轨迹也能发现后面依然有一些蛋白在跳跃，这种情况你应该拿最原始的轨迹 ...

感谢！我去试一下！

tptp 发表于 Post on 2025-10-21 10:47:09

四条链蛋白直接去除周期性之后你观察轨迹也能发现后面依然有一些蛋白在跳跃，这种情况你应该拿最原始的轨迹，手动找出四条链最中间的一个原子，以全局的原子序号记录，然后创建index文件，命令是a ****，这个****就是你的最中间的这个原子的全局序号，然后q退出。居中的时候以这个组来居中就好了

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