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重元素三碳酸铀酰的优化问题,出现了优化完成但是成键混乱的结果(opt收敛且无虚频)

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发布时间: 2025-10-22 17:54

正文摘要:

本帖最后由 理论计算-小白白 于 2025-10-23 17:19 编辑 参考了sob老师的《谈谈赝势基组的选用》,选择了合适的基组,下面是我的输入文件和三碳酸铀酰的初始结构: %chk=Uranyl_Complex_B3LYP_SDD.chk %mem=24GB ...

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理论计算-小白白 发表于 Post on 2025-10-24 12:26:14
sobereva 发表于 2025-10-24 01:56
认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html,别在本论坛随便提及AI生成的东西

...

好的社长,我的问题,以后不会了
sobereva 发表于 Post on 2025-10-24 01:56:06
理论计算-小白白 发表于 2025-10-23 17:11
sob老师,我有一些关于体系是否加弥散函数的问题。
1.裸露的铀酰离子(整体电荷是+2,O电负性强,我认为 ...

认真看置顶的社员必读贴http://bbs.keinsci.com/thread-25-1-1.html,别在本论坛随便提及AI生成的东西



我很反感在本论坛看到AI产生的文字。并且你的图也加载不出来


最经济的做法:带负电荷显著的氧加弥散
最省事的做法:所有氧都加弥散
理论计算-小白白 发表于 Post on 2025-10-23 17:11:18
本帖最后由 理论计算-小白白 于 2025-10-23 17:24 编辑
sobereva 发表于 2025-10-23 08:37

但是当前体系负电荷那么密集,O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)

sob老师,我有一些关于体系是否加弥散函数的问题。
1.裸露的铀酰离子(整体电荷是+2,O电负性强,我认为可以是U2+和两个O2-结合【其实不是,因为U+6无法电离出来,和碳酸根一样这是一个整体】,但是氧原子确实是局部的负电荷中心)需要给氧加弥散么,因为我看sob老师您之前帖子的回复是局部有显著负电荷需要加弥散http://bbs.keinsci.com/thread-54498-1-1.html,但是之前帖子《谈谈弥散函数和“月份”基组》说的是正电荷不要加(我认为是针对于单一的离子,比如说Ca2+,这里的裸露的铀酰离子不符合)
2.这个帖子是由于三碳酸铀酰整体电荷为-4才给O(电负性强)加弥散么,还是说局部有显著负电荷(如碳酸根),需要给氧加弥散。是所有氧都加弥散么,还是说只有碳酸根中氧弥散(这又回到了第一个问题)。
3.其次如果一个体系整体不带电荷(中性),但是局部有显著负电荷,比如说硝酸铀酰(我可以这么认为硝酸铀酰有显著负电荷么),我需要给氧加弥散么,《谈谈弥散函数和“月份”基组》说中性体系且其中不涉及显著的弱相互作用、没有局部带显著负电荷的时候不加。


这是我ai的对比图片,是ai说的,不一定正确。我看图片加载不出来我就补充在上面的帖子下面了

最后我认为只要局部带显著负电荷时就要弥散函数,也就是说三碳酸铀酰和硝酸铀酰中所有氧都需要弥散(包括裸露的铀酰离子)(如果裸露的铀酰离子不需要弥散,是不是三碳酸铀酰中部分氧需要定义弥散,即碳酸根中氧),请老师指教
理论计算-小白白 发表于 Post on 2025-10-23 13:52:56
本帖最后由 理论计算-小白白 于 2025-10-23 14:34 编辑
sobereva 发表于 2025-10-23 08:37

但是当前体系负电荷那么密集,O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)

好的,感谢sob老师的建议。
sobereva 发表于 Post on 2025-10-23 08:37:20
理论计算-小白白 发表于 2025-10-22 19:23
感谢前辈回复,您说的没有给赝势我一开始确实没有听懂,然后我去公社查了一下关于genecp定义基组相关问题 ...


但是当前体系负电荷那么密集,O不带弥散函数完全说不过去
色散校正改成更好的D3(BJ)
不是开壳层就不要带着U,否则白浪费大量时间

另外注意以后提到博文、帖子时要给出原链接,这次我给你加上了
理论计算-小白白 发表于 Post on 2025-10-22 19:23:39
beefly 发表于 2025-10-22 18:27
这种问题几乎是月经贴。没有给赝势

感谢前辈回复,您说的没有给赝势我一开始确实没有听懂,然后我去公社查了一下关于genecp定义基组相关问题,然后看了《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》,得到目前的结论‘只定义了基组,但是没有给U定义赝势。结果就是原子会聚到U原子上。’对么
然后我根据帖子写出了修改后的输入文件,请您过目。。
%chk=Uranyl_Complex_B3LYP_SDD.chk
%mem=24GB
%nprocshared=8
# UB3LYP/GenECP EmpiricalDispersion=GD3 opt SCF=MaxCycle=1000 SCRF=(PCM,Solvent=Water)

Title: Uranyl tricarbonate (Corrected with ECP)

-4 1
U                    0.00000000    0.00000000    0.00000000
O                    0.00000000    0.00000000    1.78000000
O                    0.00000000    0.00000000   -1.78000000
C                    2.45000000    0.00000000    0.00000000
O                    2.45000000    1.28000000    0.00000000
O                    3.58000000    0.00000000    0.00000000
O                    2.45000000   -1.28000000    0.00000000
C                   -1.22500000    2.12100000    0.00000000
O                   -1.22500000    3.40100000    0.00000000
O                   -2.35500000    2.12100000    0.00000000
O                   -0.09500000    2.12100000    0.00000000
C                   -1.22500000   -2.12100000    0.00000000
O                   -0.09500000   -2.12100000    0.00000000
O                   -2.35500000   -2.12100000    0.00000000
O                   -1.22500000   -3.40100000    0.00000000

U 0
SDD
****
C 0
6-31G(d)
****
O 0
6-31G(d)
****

U 0
SDD

目前应该就没什么问题了吧
beefly 发表于 Post on 2025-10-22 18:27:32
这种问题几乎是月经贴。没有给赝势

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