计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

采用IGM分析弱相互作用后,在VMD中输出分子间相互作用,发现存在类似分子内作用

查看数: 232 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2025-10-25 12:57

正文摘要:

如题所示,我在采用IGM分析C3H8和周围水分子的弱相互作用后(采用Multiwfn),在VMD中输出分子间相互作用,发现存在类似分子内作用。正常而言,分子间相互作用应该只有绿色部分,而不应该在C3H8分子上也存在等值面( ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-10-26 04:51:02
强烈不建议用IGM,等值面很丑
我在Structure and Bonding. Springer, Berlin, Heidelberg. DOI: 10.1007/430_2025_95中提出的mIGM是好得多的选择,耗时跟IGM一样,看最新版Multiwfn手册3.23.10节的介绍和4.20.12节的例子


仔细检查Multiwfn里输入的原子序号(记得VMD里index从0而非从1开始),并且确认Multiwfn正确识别了所有元素(看载入文件后Multiwfn在窗口中明确显示的化学组成)
zheng1994517 发表于 Post on 2025-10-25 22:16:13
谢谢您的指导  我后面也这样做了 但还是外相互作用时会显示C3H8上面的等值面
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-10-25 14:00:42
从VMD导出结构应当用选择语句排除四点水的虚拟位点MW、保留完整所有水分子(而不在边缘留一堆氢原子和羟基),这样multiwfn读取结构、构建准分子密度做IGM分析才合适。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-25 05:38 , Processed in 0.167939 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list