sobereva 发表于 2025-10-27 03:01 社长，我后面设置的是这个计算锌离子的能量：tpsstpss /6-311g(d)，但是结果还是-0.15Hartree,您觉得有问题吗 |
sobereva 发表于 2025-10-27 03:01 谢谢老师您的解答。 我是要做Zn-H2O的体系和另一个体系（Zn-水凝胶）做对比，所以做了分子模拟 老师，请问如果是另一个体系我应该选取轨迹中的什么结构，最后一个结构吗 |
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如果仅仅是Zn2+离子结合六个水，配合物的结构是什么样是充分已知的（不知道就自行google），不需要自行做构型搜索，根本不需要跑动力学 至于无法重现文献，仔细看 谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因 http://sobereva.com/678（http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html） 十分不建议将M06-2X用于过渡金属配合物，不要随便把这个泛函当成默认的，仔细看 简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html） |
reid 发表于 2025-10-26 19:34 老师，您觉得我这个最后计算能量的结构应该是轨迹的哪个部分？最后吗 |
本帖最后由 moiraaa 于 2025-10-26 21:40 编辑 reid 发表于 2025-10-26 19:34 我看了，它确实的vasp算的，谢谢您 |
| 你仔细看看文献是不是用vasp算的，要是用vasp算的，由于没法加电荷，很可能算的是Zn原子+H2O |
本帖最后由 moiraaa 于 2025-10-26 16:16 编辑 pal 发表于 2025-10-26 14:38 好的，谢谢老师 但是我还是有些疑问： 1这篇论文里并没有提到计算锌离子和水的结合能是怎样计算的，只是给出了计算的数值，所以我也不确定计算的级别是否一致2您是让我用molclus进行构想搜索吗 |
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与参考论文的计算级别是否严格一致， 选取结构可以参考http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 5点水3点水只影响分子动力学进行的构型搜索，只要不影响到搜索到的构型就没啥影响 |
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