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LAMMPS GPU包加速下CO₂–壁面相互作用出现能量突变与bond lost错误

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c2jeremy

发布时间: 2025-10-28 09:28

正文摘要:

各位老师好，我在进行 CO₂ 驱替烷烃体系的分子动力学模拟时遇到了稳定性问题。模拟体系包括石英孔壁、烷烃以及CO₂，使用的力场与软件环境如下：CO₂： EPM2石英： CLAYFF烷烃： GAFF2软件版本： ...

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TROBRIZE 发表于 Post on 2025-10-28 20:00:39

本帖最后由 TROBRIZE 于 2025-10-28 20:08 编辑

c2jeremy 发表于 2025-10-28 15:46
感谢回复，这里主要烷烃不是纯甲烷，更长的烷烃将C-H键固定好像不太合适吧

抱歉没看清楚以为是甲烷……烷烃的话就只能先试试用respa跑到稳定构象了。不过我感觉CO2密度是不是太大了，如果不是做临界态的话密度改小点试试？或者活塞压力改小一点试试。

c2jeremy 发表于 Post on 2025-10-28 15:46:53

TROBRIZE 发表于 2025-10-28 14:25
个人感觉跟用了GPU加速关系不大，关键还是模拟不够稳定导致的，但从描述来看也没有出现构型很不合理的（也 ...

感谢回复，这里主要烷烃不是纯甲烷，更长的烷烃将C-H键固定好像不太合适吧

TROBRIZE 发表于 Post on 2025-10-28 14:25:31

个人感觉跟用了GPU加速关系不大，关键还是模拟不够稳定导致的，但从描述来看也没有出现构型很不合理的（也可能是图太小了or截图不完整）。直接用刚性的CO2和CH4力场就可以了吧，不仅不会出现lost bond还不会被审稿人挑刺（我之前用非刚性的力场被审稿人质疑timestep太大），非要用bond力场的话timestep得取<1.0 fs，用run_style respa 2 2计算。

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