这个工具不是给你用作聚合物力场生成的，这个是给充分定义了残基类型的生物体系pdb准备的（protein，RNA, DNA...）。你整个聚合物就一个残基类型MOL，能自动生成就怪了。
不过你也可以自己制作一堆.rtp文件，细化好残基类型，就是必要性不大罢了。非标残基的构建：https://zhuanlan.zhihu.com/p/615285550
聚合物膜力场分配，简单上手：sobtop。注意下电荷适配性，必要的时候体系太大可以用机器学习的RESP电荷搭配gaff。

先搞清楚pdb2gmx是干嘛的、运行机制是什么，别随便拿个分子就试图用pdb2gmx，这纯属开玩笑

单分子产生拓扑文件的方法仔细看下文
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

缺乏GROMACS使用常识的话强烈建议先通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）系统学学，免得在反复无意义的碰壁上浪费时间

先了解基本GROMACS用法，没力场参数要先预备好。
聚合物参数论坛搜搜就可以找到不同方法。