木月十七岁 发表于 2025-10-29 20:17
老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

我不知道你用的charmm36.ff是哪个，先试试换最新的力场包(我测试用的charmm36-jul2022.ff 可以在 https://mackerell.umaryland.edu/ ... mm36-jul2022.ff.tgz 下载)

sobereva 发表于 2025-10-30 09:03
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎， ...

好的老师我记住了

木月十七岁 发表于 2025-10-29 15:26
补充：刚刚我进行了不含有配体的模拟，只有蛋白和核酸体系，在进行到这一步时，仍然有问题。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

木月十七岁 发表于 2025-10-29 20:17
老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

我的是2024.6

student0618 发表于 2025-10-29 18:41
我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件，使用的命令和一楼图中所示相同，没有遇到问题。

老师你好，你觉得会不会是gmx版本的问题

我用 charmm36-jul2022.ff 测试了你的文件，使用的命令和一楼图中所示相同，没有遇到问题。

student0618 发表于 2025-10-29 15:56
没提供拓朴无法判断，只能猜测混合了include不同的力场。

您好，已更新动力学模拟文件

木月十七岁 发表于 2025-10-29 15:52
您好您好，我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟，没有配体的，只用了charmm36力场，还是报上面的错误

没提供拓朴无法判断，只能猜测混合了include不同的力场。

student0618 发表于 2025-10-29 15:50
CHARMM力场和GAFF不兼容，不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的D ...

您好您好，我刚才进行了单独的蛋白核酸体系的模拟，没有配体的，只用了charmm36力场，还是报上面的错误

CHARMM力场和GAFF不兼容，不能混用。

用 GAFF/GAFF2小分子就配合AmberFF14SB或FF19SB蛋白、Amber系列的DNA力场例如OL21 (http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-1.html)/(http://bbs.keinsci.com/thread-53565-1-1.html)。

用CHARMM36或CHARMM36m蛋白/核酸就配合CGenFF小分子。

补充：刚刚我进行了不含有配体的模拟，只有蛋白和核酸体系，在进行到这一步时，仍然有问题。