OpenMM与Gromcas使用体验

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发布时间: 2025-11-4 22:32

本帖最后由 AxiEJohn 于 2025-11-5 16:17 编辑本人长期使用gromacs，也听闻过OpenMM，就其“算得极快”的外号，本人花了一个小时从零开始使用其自带转换工具转换先前已准备好的Gromacs模拟文件，并对比其与Groma ...

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mizu-bai 发表于 Post on 2025-11-15 16:00:42

enthalpy 发表于 2025-11-5 20:23
目前OPENMM在有虚拟点的系统如使用TIP4P, TIP5P 和OPC水模型时会有速度优势。GMX 目前没法支持 -update gpu ...

原来如此，我之前用 Madrid 2019 (TIP4P) 跑水盐溶液的时候发现 OpenMM 速度甚至比 GROMACS 更快，还以为 GROMACS 哪里没调好

enthalpy 发表于 Post on 2025-11-5 20:23:13

目前OPENMM在有虚拟点的系统如使用TIP4P, TIP5P 和OPC水模型时会有速度优势。GMX 目前没法支持 -update gpu 模式，会有速度损失。

参与人数 Participants 1	eV +3	收起理由 Reason
AxiEJohn	+ 3	学到了

rugals 发表于 Post on 2025-11-5 14:43:53

本帖最后由 rugals 于 2025-11-6 10:27 编辑

截断半径是我理解的那个截断半径么？
GMX用更大的截断跑得还比OPENMM快

不过这个速度差异不明显，基本可以认为不相伯仲

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