dzdhp 发表于 2025-11-13 10:14 感谢您的解答! |
王涛 发表于 2025-11-13 09:26 抱歉,最近忙都没上论坛,这么晚才回复。内存够不够不是根据你结果文件的大小,你跑成功了就说明内存分配是没有问题的。我自己的经验,计算级别跟你差不多,算单点的时候120原子单核给的内存是9000。按照论坛各位前辈的说法,先用free -h查看available列显示多少,只要你核数*单核分配内存不大于显示的数字即可。也有帖子说核数*分配内存不大于可用内存的90%。你可以根据你的使用情况尝试调整,希望对你有帮助。 |
dzdhp 发表于 2025-11-5 11:27 你好。我目前已经成功跑出了ORCA的结果,得到的orcaSP00001等文件都仅为77KB。请问要如何根据这个结果调整分配的核数和内存呢?我想尽可能用多点核数,但是又担心分配的内存不足。 |
| 咦,能并行的话mpi应该没有问题。你测试直接用orca调用48颗核心或者96试一试,如果能正常运行的话,可能是你的molclus设置的有问题 |
Eianghuan 发表于 2025-11-7 08:56 -bash-4.2$ which mpirun ~/software-t6s000343/openmpi4.1.8-install/bin/mpirun 测试的是4核,直接调用的,不通过MOLCLUS |
王涛 发表于 2025-11-7 07:25 那再试一下which mpirun的输出是什么,以及你的测试任务中设的并行核心数是几个? |
Eianghuan 发表于 2025-11-7 00:01 你好,检查后的输出如下: -bash-4.2$ mpirun --version mpirun (Open MPI) 4.1.8 Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help/ 我尝试过调用ORCA跑测试任务,是可以的,但是一到molclus还是一样的不行 |
王涛 发表于 2025-11-6 09:23 不好意思这个我也看不明白,你可以先mpirun --version检查一下有没有安装上 |
王涛 发表于 2025-11-5 21:41 你好,图片上传是不是有误,我看不到图片? |
Eianghuan 发表于 2025-11-5 12:01 |
dzdhp 发表于 2025-11-5 11:27 你好,那设置多少比较合适呢?我对这个不是很清楚 |
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建议用orca运行简单的test.inp测试一下,看看报错信息输出的是什么,如果是调用mpi的时候出了问题,你输入mpirun --version检查一下Openmpi有没有安装好。如果能正常输出openmpi的版本,你再输入which mpirun看看运行的是不是openmpi。 我之前调用ORCA并行失败是因为服务器中默认调用的是Intel MPI |
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报错信息太少,看起来像是mpi没装,参考这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-52046-1-1.html。 另外,你这个原子量有点大,还加了溶剂模型,计算级别也不低,给7000的内存可能有亿点点少 |
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