求助使用gromacs进入寡糖和糖苷酶的复合场模拟，在能量最小化时候体系会爆炸

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发布时间: 2025-11-5 17:21

我想使用gromacs进行复合场的模拟（寡糖配体glycam力场，糖苷酶amberff99sb力场），我首先先使用了glycam-web生成了我的寡糖能量最小化分子的parm7和rest7文件，然后使用ambertools去除了两个文件中的tip3p水和离子 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-11-9 03:56:50

参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8排查和解决

student0618 发表于 Post on 2025-11-5 18:24:24

检查转换及合并后的拓朴、座标文件原子序号是否正确。

VMD检查合并后有没有原子重叠。

能量最小化和平衡并不是同一步，究竟是那步崩溃？

没有实际输入输出文件或实际用过的指令无法解答。

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