使用glycam力场和amberff99sb力场完成寡糖和糖苷酶的模拟

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发布时间: 2025-11-6 11:08

我想请教关于gromacs进行复合场的模拟，以下是我的思路（但不知道是否完全正确），我想采用寡糖配体是glycam力场，糖苷酶是amberff99sb力场。我在了charmm-gui网站上绘制的寡糖文件，使用autodock vina进行了分子对 ...

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王宝金 发表于 Post on 2025-11-7 08:27:46

本帖最后由王宝金于 2025-11-7 08:28 编辑

enthalpy 发表于 2025-11-6 21:56
首先蛋白的力场用ff99sb 已经过时了，大家目前比较接受ff14sb以及ff19sb。还有原子类型名重复可能是一个严 ...

好的，我会更换蛋白的蛋白的力场。是蛋白原子类型名字和糖分子力场的原子类型重名，因为我的topol和gro文件都只有蛋白和糖的信息，没有参杂其他东西。我在网上查到的也是glycam力场的原子是可以和amber原子类型兼容的，所以现在不知道是因为什么导致原子信息重复

enthalpy 发表于 Post on 2025-11-6 21:56:48

首先蛋白的力场用ff99sb 已经过时了，大家目前比较接受ff14sb以及ff19sb。还有原子类型名重复可能是一个严重的问题。你所谓的原子类型名重复是指蛋白/核酸力场的原子类型名字与糖分子力场的原子类型重名吗？按理说，amber蛋白力场和glycam是可以联用的。

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