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当重复运行动力学模拟得到不同自由能结果时，是否应增大运行次数

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QiMengInori

发布时间: 2025-11-6 11:58

正文摘要:

首先非常感谢各位费心点进帖子，我刚接触动力学模拟，有几个问题未能找到合适的解决方案，所以来请教各位。我本人做的是大分子的动力学模拟，具体来讲是两个蛋白质分子构成的蛋白质复合物（蛋白质A：210aa左右；蛋 ...

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QiMengInori 发表于 Post on 2025-11-6 19:06:47

sobereva 发表于 2025-11-6 16:51
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签、不要手写[GROMACS]这样的标签，http://bbs.keinsci.com/thre ...

好的，很抱歉给论坛和管理人员填麻烦，以后一定注意

sobereva 发表于 Post on 2025-11-6 16:51:28

不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签、不要手写[GROMACS]这样的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

student0618 发表于 Post on 2025-11-6 12:21:18

1. 看看不同Replica模拟的轨迹是否采样到不同的interaction，例如多了个静电作用等。MMPBSA对电荷很敏感的。
2. 可测试不同时间段及不同窗口大小的MMPBSA，先看看同一轨迹的变化，并观看轨迹中该时段的相互作用。
3. “是否已平衡”需要的时间不同体系都不同，参考http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

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