ultramanm87 发表于 2025-11-7 11:40
1. 恒电位我不了解。如果你需要就加着吧。那篇文章里面貌似是水分子，没有离子。我也是发现离子会朝着平板 ...

非常感谢老师，现在已经能正常收敛了，但是我发现磁矩最后会慢慢减小，现在sigma是0.1是因为sigma太大导致消磁了么？对于现在474个原子的体系2x2x1的k点，96物理核心，一步电子步需要60s，这个速度正常么？
GE88    -2.34e+01   2.79e+01  -5.92551995e+05  -2.15551289e+00   1.0132e-02  56.13
GE89    -2.30e+01   2.71e+01  -5.92551401e+05   5.93025572e-01   9.7259e-03  56.00
GE90    -2.07e+01   2.43e+01  -5.92551363e+05   3.79915306e-02   9.0042e-03  56.03
GE91    -1.89e+01   2.20e+01  -5.92551467e+05  -1.03687189e-01   1.0983e-02  56.10
GE92    -1.89e+01   2.21e+01  -5.92552523e+05  -1.05616210e+00   1.0220e-02  56.12
GE93    -1.84e+01   2.18e+01  -5.92554717e+05  -2.19401551e+00   1.0066e-02  56.05
GE94    -1.65e+01   2.05e+01  -5.92555024e+05  -3.06909080e-01   9.4377e-03  56.20
GE95    -1.18e+01   1.68e+01  -5.92556894e+05  -1.87014432e+00   8.5146e-03  56.15
GE96    -1.13e+01   1.63e+01  -5.92553552e+05   3.34249520e+00   9.0837e-03  56.08
GE97    -1.16e+01   1.66e+01  -5.92556356e+05  -2.80365255e+00   8.3130e-03  56.17
GE98    -1.28e+01   1.77e+01  -5.92558417e+05  -2.06111931e+00   8.6757e-03  55.97
GE99    -1.76e+01   2.16e+01  -5.92554556e+05   3.86066590e+00   8.1420e-03  56.09
GE100   -1.70e+01   2.07e+01  -5.92554042e+05   5.13664602e-01   7.1117e-03  56.25
GE101   -1.88e+01   2.15e+01  -5.92551999e+05   2.04303825e+00   6.9528e-03  56.27
GE102   -2.12e+01   2.36e+01  -5.92552460e+05  -4.60989150e-01   6.8196e-03  56.09
GE103   -2.36e+01   2.58e+01  -5.92553328e+05  -8.67458473e-01   6.8070e-03  55.96
GE104   -2.66e+01   2.87e+01  -5.92550973e+05   2.35457664e+00   7.0412e-03  56.02
GE105   -2.63e+01   2.84e+01  -5.92550877e+05   9.65969988e-02   6.2733e-03  56.02
GE106   -2.64e+01   2.84e+01  -5.92551701e+05  -8.24595956e-01   6.2361e-03  56.16
GE107   -2.68e+01   2.87e+01  -5.92551526e+05   1.75581397e-01   6.7083e-03  56.12
GE108   -2.71e+01   2.90e+01  -5.92551195e+05   3.30266262e-01   6.8881e-03  56.03
GE109   -2.80e+01   2.99e+01  -5.92551552e+05  -3.56386303e-01   7.0226e-03  56.33
GE110   -2.78e+01   2.98e+01  -5.92550452e+05   1.09957458e+00   7.1435e-03  56.11
GE111   -2.84e+01   3.03e+01  -5.92550963e+05  -5.11001144e-01   6.4817e-03  56.23
GE112   -2.87e+01   3.05e+01  -5.92549418e+05   1.54473623e+00   6.6714e-03  56.18
GE113   -2.74e+01   2.90e+01  -5.92545483e+05   3.93497244e+00   6.0551e-03  56.20
GE114   -2.72e+01   2.89e+01  -5.92547702e+05  -2.21895416e+00   6.1742e-03  56.14
GE115   -2.75e+01   2.92e+01  -5.92547968e+05  -2.65437990e-01   6.1521e-03  56.03
GE116   -2.75e+01   2.93e+01  -5.92547907e+05   6.10621515e-02   5.9994e-03  56.11
GE117   -2.67e+01   2.85e+01  -5.92546045e+05   1.86144998e+00   5.7602e-03  55.94
GE118   -2.16e+01   2.34e+01  -5.92544421e+05   1.62425984e+00   8.5662e-03  56.09
GE119   -2.19e+01   2.33e+01  -5.92547927e+05  -3.50611073e+00   5.3241e-03  56.08
GE120   -2.48e+01   2.60e+01  -5.92547642e+05   2.85076040e-01   4.6311e-03  56.26
GE121   -2.53e+01   2.65e+01  -5.92545045e+05   2.59723503e+00   4.4993e-03  56.08
GE122   -1.99e+01   2.10e+01  -5.92546413e+05  -1.36850022e+00   3.6212e-03  56.18
GE123   -1.88e+01   1.98e+01  -5.92546411e+05   2.65720682e-03   3.5966e-03  56.40
GE124   -1.75e+01   1.84e+01  -5.92546486e+05  -7.57698705e-02   3.2825e-03  56.31
GE125   -1.76e+01   1.85e+01  -5.92545627e+05   8.59032861e-01   3.3005e-03  56.30
GE126   -1.40e+01   1.50e+01  -5.92546152e+05  -5.24119643e-01   3.6517e-03  56.15
GE127   -1.45e+01   1.54e+01  -5.92546425e+05  -2.73739620e-01   3.3032e-03  56.18
GE128   -1.43e+01   1.53e+01  -5.92546422e+05   3.38727261e-03   3.3344e-03  56.18
GE129   -1.36e+01   1.46e+01  -5.92545929e+05   4.92756778e-01   3.3637e-03  56.02
GE130   -1.27e+01   1.37e+01  -5.92546053e+05  -1.23578444e-01   2.6898e-03  56.08
GE131   -1.19e+01   1.30e+01  -5.92546020e+05   3.23504590e-02   2.5965e-03  55.89
GE132   -1.15e+01   1.27e+01  -5.92545987e+05   3.36832305e-02   2.6722e-03  55.88
GE133   -1.15e+01   1.26e+01  -5.92545939e+05   4.73200733e-02   2.6255e-03  55.96
GE134   -1.14e+01   1.26e+01  -5.92545937e+05   1.91793236e-03   2.6085e-03  56.11
GE135   -1.13e+01   1.25e+01  -5.92545870e+05   6.77063363e-02   2.6636e-03  56.13
GE136   -1.16e+01   1.27e+01  -5.92545830e+05   4.00975249e-02   2.6488e-03  56.33
GE137   -1.23e+01   1.34e+01  -5.92545711e+05   1.18856765e-01   2.4664e-03  56.18
GE138   -1.25e+01   1.36e+01  -5.92545593e+05   1.18165110e-01   2.6183e-03  56.26
GE139   -1.26e+01   1.35e+01  -5.92545852e+05  -2.59252956e-01   2.6839e-03  56.23
GE140   -1.25e+01   1.34e+01  -5.92545939e+05  -8.73685149e-02   2.7497e-03  56.21
GE141   -1.22e+01   1.32e+01  -5.92545510e+05   4.28929014e-01   3.1957e-03  55.91
GE142   -1.23e+01   1.32e+01  -5.92545637e+05  -1.26561609e-01   2.3269e-03  55.81
GE143   -1.07e+01   1.16e+01  -5.92545676e+05  -3.95719254e-02   2.6768e-03  56.00
GE144   -1.04e+01   1.13e+01  -5.92545507e+05   1.69351634e-01   2.3862e-03  56.12
GE145   -1.03e+01   1.11e+01  -5.92545485e+05   2.21483613e-02   1.9036e-03  56.17
GE146   -9.83e+00   1.05e+01  -5.92545372e+05   1.12544797e-01   1.7022e-03  56.25
GE147   -9.21e+00   9.83e+00  -5.92545351e+05   2.15726093e-02   1.3959e-03  56.16
GE148   -7.05e+00   7.57e+00  -5.92545382e+05  -3.13683904e-02   1.3582e-03  56.28
GE149   -6.73e+00   7.26e+00  -5.92545367e+05   1.49918426e-02   1.1783e-03  56.19
GE150   -5.67e+00   6.18e+00  -5.92545368e+05  -9.59750018e-04   1.0357e-03  55.89
GE151   -4.90e+00   5.34e+00  -5.92545360e+05   8.48055742e-03   9.1120e-04  55.97
GE152   -4.07e+00   4.41e+00  -5.92545352e+05   7.91258242e-03   8.2256e-04  56.09
GE153   -3.41e+00   3.69e+00  -5.92545339e+05   1.29167853e-02   7.1899e-04  56.21
GE154   -2.70e+00   2.92e+00  -5.92545346e+05  -6.99567117e-03   5.9705e-04  56.21
GE155   -2.50e+00   2.71e+00  -5.92545341e+05   4.93557115e-03   5.8891e-04  55.96
GE156   -2.02e+00   2.19e+00  -5.92545343e+05  -2.03022982e-03   4.8988e-04  55.78
GE157   -1.75e+00   1.90e+00  -5.92545338e+05   4.50583314e-03   4.5171e-04  55.56
GE158   -1.50e+00   1.62e+00  -5.92545333e+05   5.34037741e-03   4.5338e-04  55.80
GE159   -9.16e-01   1.06e+00  -5.92545333e+05   5.86744452e-04   3.5415e-04  55.95
GE160   -5.82e-01   7.72e-01  -5.92545333e+05  -5.61121711e-04   3.1444e-04  55.99
GE161   -6.86e-01   7.92e-01  -5.92545332e+05   1.21572837e-03   3.3075e-04  55.92
GE162   -8.45e-01   9.03e-01  -5.92545329e+05   2.64477459e-03   2.5407e-04  55.98
GE163   -5.44e-01   6.39e-01  -5.92545330e+05  -3.91900444e-04   2.1140e-04  55.87
GE164   -4.49e-01   5.69e-01  -5.92545327e+05   2.41066819e-03   1.6939e-04  55.94
GE165   -2.21e-01   4.88e-01  -5.92545327e+05  -2.64237061e-05   1.5281e-04  56.20
GE166   -2.14e-01   4.59e-01  -5.92545327e+05   4.46528965e-04   1.3952e-04  56.36
GE167   -2.47e-01   4.33e-01  -5.92545326e+05   6.72935978e-04   1.4877e-04  56.25
GE168   -2.80e-01   3.90e-01  -5.92545326e+05   2.51867701e-04   9.4522e-05  56.19
GE169   -2.56e-01   3.64e-01  -5.92545326e+05   3.00884026e-04   1.1456e-04  56.08
GE170   -2.85e-01   3.46e-01  -5.92545325e+05   2.07942958e-04   7.7811e-05  56.33
GE171   -2.35e-01   3.09e-01  -5.92545325e+05   3.86447234e-04   8.0784e-05  56.23
GE172   -1.08e-01   2.68e-01  -5.92545325e+05   1.63429693e-04   6.6354e-05  56.24
GE173   -7.93e-02   2.47e-01  -5.92545325e+05   2.30097923e-04   5.4806e-05  56.14
GE174   -1.42e-01   2.08e-01  -5.92545324e+05   1.03673555e-04   5.0817e-05  56.20
GE175   -1.31e-01   1.82e-01  -5.92545324e+05   9.20337840e-05   4.1072e-05  56.27
GE176   -8.98e-02   1.56e-01  -5.92545324e+05   5.06678507e-05   4.2325e-05  56.19
GE177   -5.29e-02   1.35e-01  -5.92545324e+05   1.21417722e-05   3.2372e-05  56.15
GE178   -3.43e-02   1.33e-01  -5.92545324e+05   1.06205240e-05   3.0241e-05  56.11
GE179   -4.02e-02   1.22e-01  -5.92545324e+05   2.95892527e-05   2.7435e-05  56.22
GE180   -3.79e-02   1.02e-01  -5.92545324e+05   1.73680869e-05   2.1635e-05  55.94
GE181   -6.15e-02   8.94e-02  -5.92545324e+05   1.35371984e-05   1.8280e-05  56.03
GE182   -6.90e-02   8.49e-02  -5.92545324e+05  -9.65592177e-07   1.9783e-05  56.13
GE183   -7.18e-02   8.26e-02  -5.92545324e+05   8.96593023e-07   1.2941e-05  56.14
GE184   -6.65e-02   7.53e-02  -5.92545324e+05   4.29180677e-06   1.2309e-05  56.11
GE185   -6.10e-02   6.84e-02  -5.92545324e+05   6.00302539e-07   1.0233e-05  56.25
GE186   -5.94e-02   6.55e-02  -5.92545324e+05   2.66756471e-05   9.2659e-06  56.15

1. 恒电位我不了解。如果你需要就加着吧。那篇文章里面貌似是水分子，没有离子。我也是发现离子会朝着平板运动，中性分子一般没有问题，你可以测试下。
2. 不是参考的问题，是abacus读取初始磁矩是优先最后的mag 0.0而不是元素下面的那个，你没发现你scf第一步从一个很小的磁矩开始的嘛，因为abacus认为你设的厨师磁矩是0。你要么一个一个把mag 0.0改了，要没直接删除所有的mag 这样元素下面那个统一磁矩就会被识别了

ultramanm87 发表于 2025-11-7 06:53
你这有好多问题：1. 你用gamma_only但是明显的晶胞太小，需要扩胞 2. 金属体系smearing_sigma可以再大点 3. ...

感谢老师，还有问题想请教下：
1.我用补偿电荷板是参考10.1038/s41467-025-58871-7这篇文章中的恒电位方法，通过电荷修正过电位，似乎abacus中只有这种恒电位方法，添加阴离子也能达到一样的结果么？
2.磁矩是参考0.8加的，计算一个Ni的slab输出中AMAG是不是就是对应每个Ni原子的磁矩然后可以作为更正确的磁矩？

你这有好多问题：1. 你用gamma_only但是明显的晶胞太小，需要扩胞 2. 金属体系smearing_sigma可以再大点 3. 不要用compensate charge （gate）的功能，他是用一个带电平板来达成晶胞内的电荷平衡的，这个带点平板会引起虚假的力导致带电粒子向他靠近，而你应该做的是添加合适的阴离子来平衡Li+。4. 给Ni合适的磁矩初猜能帮助收敛从 5. 建议加上色散校正
你先把scf收敛了再考虑md的事情。
如果你只考虑水溶液中的事情，我更喜欢取消真空层和偶极校正，然后把slab放中间，让两侧都是溶液状态。