beyond 发表于 2025-11-7 21:06
看了一下你的topology文件：

[ system ]

已经解决了，太感谢了！system不能随便乱用。

看了一下你的topology文件：

[ system ]
Curcumin
system

[ molecules ]
Curcumin         10     
system           780     

不明白你的system分子是什么？ 通常Gromacs的关键词有一个默认的关键词，system，包含了整个体系，这样就起冲突了

报错消息说得很明白了，Atom 1 在Group system里，也在Group Curcumin，
要不重新定义一下Group，要不就用一个system的Group 。

tcoupl                  = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                 = system   Curcumin     ; two coupling groups - more accurate
tau_t                   = 0.1          0.1      ; time constant, in ps
ref_t                   = 313.15     313.15          ; reference temperature, one for each group, in K