|
本帖最后由 student0618 于 2025-11-8 11:39 编辑 简单的直接trjcat合并轨迹再用gmx cluster 作clustering就可以了。 由于采样较多，看设定的参数及体系很可能不止一个cluster。 用多于一个轨迹作Combined clustering也是个检查采样是否收歛的一个方法，有兴趣了解的话，理论可参考 https://livecomsjournal.org/inde ... /view/v1i1e5067/913 第4.2节/fig.4。Combined clustering用Amber的cpptraj的话参考https://amberhub.chpc.utah.edu/combined-clustering-analysis/ (我只用过Amber做这分析，没找过gmx的方法)。 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-1-24 09:17 , Processed in 0.171086 second(s), 25 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites