“T 型 π–π stacking”这种说法不恰当。垂直结合构型不属于一般意义的pi-pi堆积状态

强烈建议阅读此文
谈谈pi-pi相互作用
http://sobereva.com/737（http://bbs.keinsci.com/thread-51636-1-1.html）

靠主流的分子力场都可以基本合理地表现pi-pi作用。跑动力学后自己写VMD tcl脚本等方式可以分析哪里有pi-pi堆积出现、频率、平均寿命等。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）学过一遍就会做了，里面还非常充分讲了VMD tcl分析脚本的编写。

做常规的蛋白质-配体复合物模拟就完了，没什么特殊的。

可以结合量子化学方法和Multiwfn做波函数分析精细地研究pi-pi作用，参考前述博文。