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在SMD模拟中，如何确定施加力的位置

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HanLuyao

发布时间: 2025-11-10 10:59

正文摘要:

我现在要对复合物进行拉力模拟，现在有两条链AB，我想对A链的C端Cα施加力，对B链的C端Cα进行固定，但是我的模拟结果中显示AB两条链都被拉动了，B链被拉动的很厉害这个是我的参数文件 ; Enable pulling pull& ...

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HanLuyao 发表于 Post on 2025-11-12 10:16:27

还想请教老师们一个问题，在模拟的过程中我使用更小的力参数，为什么被蓝色的链被拉走的更快了呢？
pull_coord1_rate    = 0.0005
pull_coord1_k       = 50
我之前的参数为
pull_coord1_rate    = 0.001
pull_coord1_k       = 100

HanLuyao 发表于 Post on 2025-11-12 10:15:38

CrysW555 发表于 2025-11-10 19:13
你只是固定了B的一个原子，如果不想要B动应该B的重原子都加限制，同样的对A也应该考虑到底是拉一个原子还是 ...

我是想看到蛋白质被一点一点拉开的情况，所以就限制了一个原子，针对我这种情况，老师有什么建议吗？

CrysW555 发表于 Post on 2025-11-10 19:13:21

你只是固定了B的一个原子，如果不想要B动应该B的重原子都加限制，同样的对A也应该考虑到底是拉一个原子还是整体拉

enthalpy 发表于 Post on 2025-11-10 13:10:02

GMX的SMD模式并没有固定一端的说法。即使在其它模式下(比如NAMD软件的了SMD模式)，一端固定，另一端拉伸，根据作用力与反作用力，固定的一端如果机械稳定性更弱，也是会从固定的一端开始解折叠。

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