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计算有机大环和小分子结合自由能的流程求助

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1739140886

发布时间: 2025-11-10 11:22

正文摘要:

各位老师好，我想计算同一有机大环分子（称为A，约100原子）和一批小分子（称为B，约10~50原子，部分带有N+结构）的结合自由能大小，考虑水溶剂，其中假定复合物结构AB构型合理。通过浏览以往的相关帖子得知，该计 ...

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1739140886 发表于 Post on 2025-12-25 09:34:10

sobereva 发表于 2025-12-25 05:45
你写的没问题

感谢Sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2025-12-25 05:45:27

1739140886 发表于 2025-12-24 14:31
还想请教Sob老师，如果想研究Pd(2+)金属笼结构结合小分子的结合自由能，能否还是依照上述流程，只对基组 ...

你写的没问题

sobereva 发表于 Post on 2025-11-15 05:31:08

1739140886 发表于 2025-11-14 21:08
Sob老师，还想请教一个问题。我这里的大环是CB7（理论上结构具有一定对称性，可见示例图），结合的小分子 ...

先做对称化，还不行再加上recalc=5。都是博文里提到的。绝对没有博文里没提到的能奏效的做法

1739140886 发表于 Post on 2025-11-14 10:31:40

sobereva 发表于 2025-11-13 01:58
1 A、B需要单独优化
2 如果想考虑BSSE问题，AB计算单点时用counterpoise，取其中BSSE校正后的复合物能量 ...

感谢sob老师回复，我在opt+freq测试时将基组降到了6-31G*（发现6-31G**和6-311G**耗时会较长），但是发现很多复合物AB的优化无法收敛。查阅文献时发现AB在优化时考虑和不考虑隐式溶剂对最终优化出的结构影响不大，请问我在第一步opt+freq计算时是否可以在真空进行，这是否会影响我要计算的自由能数值？

sobereva 发表于 Post on 2025-11-13 01:58:35

1739140886 发表于 2025-11-12 13:07
社长，我又参考了《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》帖子下的示例和Shermo的手册内容， ...

1 A、B需要单独优化
2 如果想考虑BSSE问题，AB计算单点时用counterpoise，取其中BSSE校正后的复合物能量
其它没什么问题

1739140886 发表于 Post on 2025-11-11 09:37:58

sobereva 发表于 2025-11-11 01:11
1 这样大小的体系在Gaussian里双杂化泛函B2PLYP-D3(BJ)根本算不动。建议用B3LYP-D3(BJ)或M06-2X算单点
2 ...

感谢社长，我去尝试一下！

sobereva 发表于 Post on 2025-11-11 01:11:37

1 这样大小的体系在Gaussian里双杂化泛函B2PLYP-D3(BJ)根本算不动。建议用B3LYP-D3(BJ)或M06-2X算单点
2 最好带着

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