小分子和蛋白质结合-取簇模型并做QM/MM结构优化问题

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发布时间: 2025-11-13 11:26

本帖最后由 wcy鱼饵于 2025-11-13 11:26 编辑学生目前在研究一个有机小分子（主要含 C、H、N、O、S 元素，原子数约 50 个），希望探究其与蛋白质结合后的簇模型体系的激发态性质。整个复合体系原子总数约 3000 ...

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wcy鱼饵 发表于 Post on 2025-11-18 00:53:45

sobereva 发表于 2025-11-15 05:52
小分子也没多少原子，还不如取个两三百原子的簇直接DFT计算，不重要的原子用小基组节约时间，比用ONIOM折腾 ...

谢谢sob老师，我体系的小分子离蛋白质分子较远，若取簇模型到200到300个差不多能6Å左右，学生怕对激发态的性质不能全面描述！学生最近通过不断调整初猜成功在8Å簇模型下收敛，学生会做一个对比来对体系进行验证，若后续激发态性质两种方法相似，学生也会采用6Å的做全DFT！

sobereva 发表于 Post on 2025-11-15 05:52:22

小分子也没多少原子，还不如取个两三百原子的簇直接DFT计算，不重要的原子用小基组节约时间，比用ONIOM折腾少多了

参与人数 Participants 1	eV +5	收起理由 Reason
wcy鱼饵	+ 5	谢谢

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