求助：关于聚合物链拉伸模拟的疑问

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发布时间: 2025-11-13 14:59

本帖最后由 Lisy 于 2025-11-14 09:38 编辑我想进行一条聚合物链的拉伸模拟，参考了卢老师的金属棒的拉伸案例写相应的mdp文件，可是运行的时候老是出现这个报错，请问是什么原因呢？

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sobereva 发表于 Post on 2025-11-15 05:56:36

提示写了，电荷组定义不当，一个电荷组里不能有那么多原子
要么用cutoff-scheme = verlet结合三维周期性模拟（给足够大真空区等价于非周期性体系），要么修正电荷组定义，比如让每个重复单元作为一个电荷组

haizeiwang123 发表于 Post on 2025-11-13 17:41:15

mdp文件里面cutoff-scheme = Verlet，而且你有好多错误，初始速度没设置，温度没设置

KazusaT 发表于 Post on 2025-11-13 15:41:01

虽然我不知道具体这个问题是什么原因，但是你的top文件[ atomtypes ]写的不对,漏掉了很多原子序数，聚合物PDE.itp里原子电荷也全是0.

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