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gromacs钠电池电解液NPT平衡阶段压力波动极大

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Tonue

发布时间: 2025-11-13 22:22

正文摘要:

各位老师好，我在模拟电解液体系时，在NPT阶段压力波动极大（RMSD达到数千）且运行时一直伴随如下提示：Warning: pressure scaling more than 1%。体系总原子数九千左右，分子数在三百左右。已经试过了C-rescale，PR ...

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yuzc 发表于 Post on 2025-12-24 15:05:27

PR压浴也是扩展相空间法，对体系的初态要求还挺严格的，应该充分平衡体系。
所以一般就是先用berendsen平衡完再用PR采样。不过现在可以直接从头到尾用C-rescale了

sobereva 发表于 Post on 2025-11-15 06:18:12

我在论坛里说过无数次，体系达到平衡之前不要用PR压浴，这压浴不是什么好东西

那叫Berendsen不叫bredesen

Tonue 发表于 Post on 2025-11-14 00:03:33

student0618 发表于 2025-11-13 22:33
pressure看的是平均，gmx energy出的波动大正常。

要看收敛看Density或volume或box x/y/z

好的，感谢您的解答和版主的文章，受益良多

student0618 发表于 Post on 2025-11-13 22:33:22

pressure看的是平均，gmx energy出的波动大正常。

要看收敛看Density或volume或box x/y/z

以下帖文已经有个Pressure的图及解说：
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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