gromacs11 发表于 2025-11-14 23:46
老师，我也尝试调小步长了，也会报错，请问低温跑平衡是什么意思呢？

就是在低温下，跑动力学，把它当作一种能量最小化的方法

beyond 发表于 2025-11-14 17:01
根据以往的经验，出现这样的问题，大概率是力场参数有问题，这个需要自己仔细检查，

可以试着把步长调小 ...

老师，我也尝试调小步长了，也会报错，请问低温跑平衡是什么意思呢？

SharkYYX2025 发表于 2025-11-14 14:15
我昨天也遇到这个报错。一开始，我的top itp是基于GAFF力场用sobtop产生的。然后我换成基于计算的Hessian产 ...

多谢指点！

student0618 发表于 2025-11-14 13:21
先看轨迹，哪个原子先出问题？

见到报错中也有3069-3071，不过要看轨迹/报错时输出的stepxxx.pdb才可以 ...

好的，感谢指点！

根据以往的经验，出现这样的问题，大概率是力场参数有问题，这个需要自己仔细检查，

可以试着把步长调小，如0.5fs， 低温下跑平衡，如100K
这样的话，应该不会报错，从中也许可以找到不合理的地方

我昨天也遇到这个报错。一开始，我的top itp是基于GAFF力场用sobtop产生的。然后我换成基于计算的Hessian产生，键长键角等参数比较精确，就不报错了。不知道能不能解决你的问题。参考此贴
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元  http://sobereva.com/635
我实测，有机小分子（比如乙醇 正辛醇）拿GAFF力场简单产生，没问题。比较大的 含有很多杂原子的有机分子拿GAFF产生，键长会有点怪，然后模拟就崩了。

然后可以考虑把电荷换成RESP2，参考此贴 RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算   http://sobereva.com/531

建议用sobtop产生拓扑文件，参考这个 http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
如果还不能解决，站内搜LINCS，可以参考其他帖子的解决方法

先看轨迹，哪个原子先出问题？

见到报错中也有3069-3071，不过要看轨迹/报错时输出的stepxxx.pdb才可以确认。

top/itp检查配位水的电荷。

一个方法是用Multiwfn约束等价的原子电荷再算RESP取代本来MCPB.py 给的RESP电荷(见http://sobereva.com/441)。用MCPB赋予电荷同一步的高斯文件。

student0618 发表于 2025-11-14 12:49
检查轨迹是哪个原子出问题，2433-2434是什么。

如果是和金属配位的水出问题：

老师你好，2433-2434是其他氨基酸，然后3069-3071是水。请问有什么方法解决呢？

检查轨迹是哪个原子出问题，2433-2434是什么。

如果是和金属配位的水出问题：
MCPB.py很常有的问题是配位的水两颗氢的电荷差太大很容易出问题，先检查一下。