本帖最后由 冰释之川 于 2018-5-5 16:41 编辑 旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 21:07 
test.gjf
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冰释之川 发表于 2017-4-26 18:53 多谢多谢，我明白了 |
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 15:24 按你的要求编写的内坐标，参见附件： 
scan2.rar
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冰释之川 发表于 2017-4-26 11:42 还想请教一个问题，如果我想扫19-18-16-15这个二面角，内坐标该怎么调整呢？D17和D18我分别调成了20-19-18-21和21-19-18-20，但是出错了，错误信息说这个坐标定义有问题。另外，A31和D30我也改过了。我改的输入文件在附件里，多谢了 |
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冰释之川 发表于 2017-4-26 11:42 明白了，多谢多谢 |
旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 11:39 你那个S原子之所以不旋转，是因为用到了右边基团的C原子的二面角和键角，给固定死了 |
冰释之川 发表于 2017-4-26 11:02 好的 多谢 我试试。还有我想问一下略微调整内坐标定义有什么准则吗？怎么看出来需要调整哪个？ |
本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-26 11:04 编辑 旺旺雪饼 发表于 2017-4-26 10:49 ----试一下这个输入文件的内坐标，应该可以一起旋转了----- 你的刚性扫描有点问题，需要略微调整内坐标定义。 # scan b3lyp/6-311+g** nosymm scan 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 3 B3 2 A2 1 D1 0 C 4 B4 3 A3 2 D2 0 C 1 B5 2 A4 3 D3 0 O 6 B6 1 A5 2 D4 0 C 3 B7 2 A6 1 D5 0 C 8 B8 3 A7 2 D6 0 C 9 B9 8 A8 3 D7 0 C 10 B10 9 A9 8 D8 0 S 8 B11 9 A10 10 D9 0 C 11 B12 10 A11 9 D10 0 C 13 B13 11 A12 10 D11 0 C 14 B14 13 A13 11 D12 0 C 15 B15 14 A14 13 D13 0 S 13 B16 11 A15 10 D14 0 C 16 B17 15 A16 14 D15 0 C 18 B18 16 A17 15 D16 0 C 19 B19 18 A18 16 D17 0 C 19 B20 18 A19 16 D18 0 N 20 B21 19 A20 18 D19 0 N 21 B22 19 A21 18 D20 0 H 1 B23 2 A22 3 D21 0 H 2 B24 1 A23 6 D22 0 H 4 B25 3 A24 2 D23 0 H 5 B26 4 A25 3 D24 0 H 7 B27 6 A26 1 D25 0 H 9 B28 8 A27 3 D26 0 H 10 B29 9 A28 8 D27 0 H 14 B30 13 A29 11 D28 0 H 15 B31 14 A30 13 D29 0 H 18 B32 16 A31 15 D30 0 B1 1.38101085 B2 1.39739522 B3 1.39450439 B4 1.38377400 B5 1.39044246 B6 1.35660888 B7 1.46430892 B8 1.37031464 B9 1.41079277 B10 1.37048665 B11 1.72095621 B12 1.44483453 B13 1.38026446 B14 1.40019443 B15 1.38195781 B16 1.70980955 B17 1.42844185 B18 1.35570634 B19 1.42805867 B20 1.43074414 B21 1.14803824 B22 1.14785547 B23 1.08145786 B24 1.08355332 B25 1.08247332 B26 1.08425826 B27 0.96214478 B28 1.08049538 B29 1.08175116 B30 1.08097735 B31 1.07922644 B32 1.08509127 A1 121.29290509 A2 118.11785677 A3 121.05809142 A4 119.77684956 A5 117.50749158 A6 121.64098067 A7 128.29451360 A8 113.27099308 A9 113.08314388 A10 110.523 A11 128.48239545 A12 128.09978488 A13 113.46575774 A14 112.86573796 A15 121.18427756 A16 131.77892485 A17 128.64305352 A18 123.37255973 A19 119.80138442 A20 178.98433446 A21 179.20391557 A22 121.30123947 A23 119.09007962 A24 119.62477897 A25 120.08521811 A26 110.03917353 A27 122.86299194 A28 123.90003694 A29 122.77318258 A30 123.52858094 A31 116.09445473 D1 0.07861460 D2 -0.38907774 D3 0.24067009 D4 179.86789180 D5 -179.86762985 D6 151.61097335 18 10.0 D7 179.87169287 D8 -0.02221840 D9 0.499 D10 179.55281829 D11 -169.63725291 D12 179.84430587 D13 0.02788704 D14 10.56467489 D15 -179.98286434 D16 -0.08574195 D17 0.22567919 D18 -179.68907394 D19 0.78844971 D20 5.15098731 D21 179.61423792 D22 -178.53551605 D23 178.10751573 D24 179.52245981 D25 179.97197523 D26 -2.30069389 D27 178.47466705 D28 0.48283477 D29 -179.66278065 D30 -179.93393268 |
冰释之川 发表于 2017-4-26 10:22 我也觉得柔性扫描更好，我用的也是柔性扫描，结果跟文献里的刚性扫描结果不同，所以审稿人让我做一个刚性扫描比较，是泛函不同导致的结果不同还是扫描方式导致的。但是我刚性扫描的结果跟文献中的也不一样，所以想问问是输入文件有误还是刚性没有意义？ |
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采用柔性扫描不是更好么？ # opt=modredundant b3lyp/6-311+g(d,p) nosymm geom=connectivity scan 0 1 C 0.00000000 0.00000000 0.00000000 C 0.00000000 0.00000000 1.38101085 C 1.19410657 0.00000000 2.10683651 C 2.39454782 0.00168756 1.39720248 C 2.40589023 -0.00473163 0.01348986 C 1.20684639 -0.00506937 -0.69052612 O 1.15311860 -0.00761806 -2.04606826 C 1.20300402 -0.00288011 3.57111557 C 2.15489457 -0.51474157 4.41353140 C 1.84262965 -0.34138410 5.77836621 C 0.65057069 0.30434339 5.97902783 S -0.07923605 0.70931512 4.47129813 C 0.01147929 0.64415987 7.22948126 C -1.26994977 1.11608492 7.43037000 C -1.57571580 1.34297959 8.77780104 C -0.52472147 1.04552595 9.62440581 S 0.83994991 0.49144194 8.71735301 C -0.39512864 1.12440390 11.04476847 C -1.31184433 1.53050909 11.95726537 C -2.62785803 1.96271736 11.60991033 C -0.97500975 1.54027234 13.34776023 N -3.68162379 2.30661620 11.31107409 N -0.68980885 1.54402921 14.45961387 H -0.92402812 -0.00622141 -0.56185802 H -0.94665403 -0.02022321 1.90781723 H 3.33372901 0.03280171 1.93452835 H 3.34842833 0.00451249 -0.52237621 H 2.04324436 -0.01062657 -2.41129374 H 3.03527520 -1.03102001 4.05876840 H 2.46185491 -0.70065889 6.58933308 H -1.96649113 1.28098030 6.62033810 H -2.53289283 1.70664590 9.11881226 H 0.56337188 0.82246747 11.45407790 1 2 2.0 6 1.5 24 1.0 2 3 1.5 25 1.0 3 4 1.5 8 1.0 4 5 2.0 26 1.0 5 6 1.5 27 1.0 6 7 1.0 7 28 1.0 8 9 2.0 12 1.0 9 10 1.5 29 1.0 10 11 2.0 30 1.0 11 12 1.0 13 1.5 12 13 14 2.0 17 1.0 14 15 1.5 31 1.0 15 16 2.0 32 1.0 16 17 1.0 18 1.5 17 18 19 2.0 33 1.0 19 20 1.5 21 1.5 20 22 3.0 21 23 3.0 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 D 9 8 3 2 S 18 10.000000 |
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