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关于orca提交到PBS节点上的任务脚本

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发布时间: 2025-11-17 09:53

正文摘要:

本帖最后由 满天星斗 于 2025-11-17 19:10 编辑 老师们,我在服务器上安装了orca,想试一下是否可以正常使用,用高级班培训时的任务尝试了一下。使用登录节点直接运行任务,发现虽然比课程文件慢了一些,但没有慢 ...

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Dempey 发表于 Post on 2025-11-18 13:26:38
可以参考ORCA手册2.5.2.3部分提供的PBS脚本。如2楼所说,先把计算必要的文件复制到临时文件夹,再进行计算,最后再把计算结果复制回工作目录就行了。
snljty2 发表于 Post on 2025-11-18 11:25:24
满天星斗 发表于 2025-11-18 10:44
老师您好,8核并行是为了和登录节点直接提交的运算做对比的,登录节点最多只能提供8核。平时我使用VASP, ...

MPI并行,和别的程序MPI运行没什么本质区别。拷贝过程原理上平台系统没法自动实现,你得手动看哪个硬盘分区是本地硬盘,哪个是NFS。具体的你ssh登录到计算节点上,用htop。ifstat、iostat等命令监测,同时重点关注一下ORCA所有时间有关的输出。
满天星斗 发表于 Post on 2025-11-18 10:44:15
snljty2 发表于 2025-11-18 08:27
首先,你确定计算节点是要8核并行吗?如果不是,提交任务脚本里应该加入类似sed命令的内容,自动把输入文件 ...

老师您好,8核并行是为了和登录节点直接提交的运算做对比的,登录节点最多只能提供8核。平时我使用VASP,CP2k在计算节点上是用的32核。我也试过32核算ORCA,同样超级慢。我尝试过用sob老师讲ORCA安装的那个例子,直接前台运行2.5s就完成了,但是提交到计算节点上需要21min。后面那个问题我不是很懂,去查了一下说是需要将计算文件拷贝到节点上,以免来回传输耽误时间,但我是通过PBS系统提交的任务,这个拷贝过程应该是平台系统自动完成的吧,我的理解应该不需要手动?因为我之前计算Gaussian,cp2k, vasp, castep等软件,也都是将计算输入文件和任务脚本放在一个新建的文件夹中,然后qsub任务脚本,都可以正常运行。只有orca出现了这个问题,不知道orca和其他软件的差异在?
snljty2 发表于 Post on 2025-11-18 08:27:22
首先,你确定计算节点是要8核并行吗?如果不是,提交任务脚本里应该加入类似sed命令的内容,自动把输入文件%pal nprocs后面的数字换成需要的并行核数(通常是计算节点物理核心数,PBS有一些变量可以获得分配了多少核心,或者自己cat /proc/cpuinfo然后去算也行)。然后,你的任务提交目录是属于一个挂载的NFS吗?各个节点之间有没有IB网?如果没有,应该把输入文件拷贝到计算节点本地新建的临时目录,在计算节点本地目录计算,算完了再拷贝回来,否则网络速度将严重影响计算速度。

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