1. 如果我的理解没错，应该第一列是时间，第二列是满足角度+满足距离的氢键数目，第三列是满足距离+不满足角度的氢键数目，也就是说二、三列相加是只考虑距离的氢键数目，这个值可以通过-hbr指定
2. 不对，你没有看完这个hbond.ndx，你看的这个是"donors_hydrogens_A_chain"，是A链的供体-氢，例如第一行1 2 1 3 1 4指的是A链上，1原子可以通过1-2、1-3、1-4作为供体形成氢键（显然这应该是一个-NH3+），你想找的那个A链和B链之间的Donor–Hydrogen–Acceptor在这个ndx最后，应该是[ hbonds_A_chain-B_chain ]部分，你完整读一下这个ndx（你这个可能非常长，你可以随便画两个短肽链稍微模拟一下得到一个比较短的文件看一看）还可以找到记录A链氢键受体的[ acceptors_A_chain ]，记录B链的[donors_hydrogens_B_chain]、[ acceptors_B_chain ]