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发布时间: 2025-11-19 13:54
正文摘要:我使用以下md.mdp文件模拟蛋白质和小分子复合物，已经设置蛋白质和小分子为质心，但计算rmsd值时仍然含有瞬时波动。 猜测可能是因为pbc问题。将视频录制在bili网站2025_11_19_13_49_45_309_哔哩哔哩_bilibi ... |
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这种事一律结合VMD显示的轨迹动画看，必须把盒子边框显示出来，弄清楚是怎么跨的盒子 至于怎么处理，下文中RMSD部分该说的都说了 谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html） |
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