huangzi 发表于 2025-11-20 22:02
sob老师，在我整理过程中，我看到bonded_param.dat中有两栏分别为IDIVF和PK但我文献里面没有列出这两项， ...

bonded_param.dat里把IDIVF设1就完了

enthalpy 发表于 2025-11-19 22:52
一个二面角可能要用到多个三角函数描述才能描述，这很正常的。你生成的itp中y也有类似的例子。

老师意思是我直接全写到itp文件中去吗

sobereva 发表于 2025-11-20 00:23
建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，直接把文献里的参数手动加入到bonde ...

sob老师，在我整理过程中，我看到bonded_param.dat中有两栏分别为IDIVF和PK但我文献里面没有列出这两项，文献 里只有n(PN)和Vn的值。之后我查阅资料得知文献中和dat中两种计算二面角函数方法中。其实(PK/IDIVF)=Vn,我是不是可以直接在缺少参数的itp文件中，将表中Vn的值写到itp文件的kd处，同时直接修改不太恰当的地方，而不用添加到bonded_param.dat中去，因为文献计算二面角时没有给出PK和IDIVF，十分感谢老师

建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生GAFF的拓扑文件，直接把文献里的参数手动加入到bonded_param.dat里（如果GAFF本身定义了相应情况的二面角项，删除原本自带的）。bonded_param.dat里的$DIHEDRAL部分的注释行直接给了当前用的二面角项函数形式，对照便知

一个二面角可能要用到多个三角函数描述才能描述，这很正常的。你生成的itp中y也有类似的例子。