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ORCA脚本分享

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本主题由 sobereva 于 2025-11-21 04:53 加入精华

qqzhang

发布时间: 2025-11-20 10:54

正文摘要:

脚本1 使用gunplot绘制scan过程中的能量和键长变化，是直接读取的test.relaxscanact.dat进行的绘图： #!/bin/sh # 检查数据文件是否存在 if [ ! -f "test.relaxscanact.dat" ]; then &nbs ...

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wal 发表于 Post on 2025-11-21 19:39:28

Novice 发表于 2025-11-21 17:29
也可以分享一下

过一段时间整理下发，我对它目前的形态不是特别满意><

wal 发表于 Post on 2025-11-21 19:37:46

玉米猫发表于 2025-11-21 16:15
哈哈哈哈哈哈哈，你发出来的时候我看了，算是行为艺术吗

算是吧(
毕竟些那个的时候PNG的功能已经用了很久，用着挺舒服运行也很平稳，只是发现能终端绘图，感觉很好玩，就捣鼓了一下加上了，hhh
自加上到现在，用的次数一双手都数的过来

Novice 发表于 Post on 2025-11-21 17:29:39

wal 发表于 2025-11-20 11:08
gnuplot的终端绘图步数一多就看不清了实际用起来有点花瓶我之前捣鼓过最终还是转向了别的手法 (然而我的 ...

也可以分享一下

玉米猫 发表于 Post on 2025-11-21 16:15:34

wal 发表于 2025-11-20 11:08
gnuplot的终端绘图步数一多就看不清了实际用起来有点花瓶我之前捣鼓过最终还是转向了别的手法 (然而我的 ...

哈哈哈哈哈哈哈，你发出来的时候我看了，算是行为艺术吗

Novice 发表于 Post on 2025-11-21 14:35:34

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-11-20 16:16
如果脚本为AI辅助编写，请在帖中声明AI生成内容与人工复核修改内容占最终代码的比例。

注意到四个脚本用 ...

我觉得其实AI写也没什么，毕竟脚本他需要花费时间去检验和排除bug。作为一个不会写代码的人，我自己子平时让AI帮写代码时就不知花费了多少时间去让AI解决他写的代码的问题，这就是AI时代不会写代码的人的贡献。

至于写出更优的代码，这个就需要专业的人去做了。但是这个即使不是最优的代码，在目前的应用场景下，资源需求也不大，还是很有使用价值的

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 Post on 2025-11-20 16:16:12

如果脚本为AI辅助编写，请在帖中声明AI生成内容与人工复核修改内容占最终代码的比例。

注意到四个脚本用了三种寻找文件的方式，不是很统一呢。

if [ ! -f "test.relaxscanact.dat" ]; then
echo "错误: 找不到 test.relaxscanact.dat 文件!"
exit 1
fi

复制代码

num_out_files=$(find . -maxdepth 1 -type f-regex './[0-9]+\.out' | sort -n)
if [ -z "$num_out_files" ]; then
echo "错误: 未找到数字.out文件!"
exit 1
fi

复制代码

if [ $(ls *.out 2>/dev/null | wc -l) -eq0 ]; then
echo "当前目录下没有找到.out文件"
exit 1
fi

复制代码

感觉很多sed | awk或者grep | awk之类的指令都可以把pipeline简化成纯awk的。

Daniel_Arndt 发表于 Post on 2025-11-20 15:35:51

本帖最后由 Daniel_Arndt 于 2025-11-21 09:51 编辑

我稍微看了一下你的脚本1，有两个可以改进的地方，一是gnuplot其实是提供了跟Linux Shell简单交互的功能，你可能不清楚，所以使用了一个temp.plot文件，你看看 https://www.plumed.org/doc-v2.5/user-doc/html/belfast-2.html 中“p "<head -400 HILLS" u 2:3:4:5 w xyer”、“spl "<paste negative_bias.dat correction.dat " u 1:2:($3+$8) w pm3d”那两行就大概能明白了。二是查找最小能量及其相应的距离其实可以用一个awk脚本来完成，我在 http://bbs.keinsci.com/thread-36574-1-1.html 中讲解FNR和NR时提到了这个小技巧。

dodobird1 发表于 Post on 2025-11-20 14:40:54

标题可以更具体一点方便检索之类的

student0618 发表于 Post on 2025-11-20 14:30:08

建议代码用<>插入代码放，更清晰。

就是这个

复制代码

wal 发表于 Post on 2025-11-20 11:08:06

gnuplot的终端绘图步数一多就看不清了实际用起来有点花瓶我之前捣鼓过最终还是转向了别的手法 (然而我的xyz剪切板艺术无人欣赏

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