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求助gromacs中用posre的问题，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错

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wyw1

发布时间: 2025-11-27 20:16

正文摘要:

我现在想要把一部分重链给限制住，然后我已经把我想限制的原子写在posre.itp中了。我进行em和nvt后，在nvt平衡过程中出现了很多lincs的报错，请大家帮我看看我这两个mdp文件写的有没有问题，为什么会出现这样的结构 ...

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wyw1 发表于 Post on 2025-12-3 13:53:49

sobereva 发表于 2025-11-28 10:58
top必须给完整
连引用forcefield.itp的部分都没有

好的谢谢

wyw1 发表于 Post on 2025-12-3 13:53:17

beyond 发表于 2025-12-2 06:26
一般LINCS warning都是来自hydrogen involved bonds，
建议你的constraints 改为h-bonds,
另外，你的posr ...

okok 搞定了谢谢

beyond 发表于 Post on 2025-12-2 06:26:22

一般LINCS warning都是来自hydrogen involved bonds，
建议你的constraints 改为h-bonds,
另外，你的posre.itp里面只有两个原子有positional restraints
可以用gmx make_ndx 及 gmx genrestr 重新生成一个posre.itp，只限制重原子

sobereva 发表于 Post on 2025-11-28 10:58:45

top必须给完整
连引用forcefield.itp的部分都没有

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