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VMD周期边界出现断键

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asss

发布时间: 2025-11-28 14:42

正文摘要:

在使用vmd查看轨迹构型时出现成键胡乱现象，参考sob老师写的《谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题》后成功使用双图层或重新判断连接关系并改写内存里的连接关系列表在文本窗口输入mol bondsrecalc all; to ...

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student0618 发表于 Post on 2025-11-28 20:57:11

trjconv -pbc mol处理后的轨迹再跑trjconv -dump 0 输出gro或pdb来给vmd

asss 发表于 Post on 2025-11-28 17:43:29

乐平发表于 2025-11-28 17:22
老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（VMD, GaussView, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学 ...

谢谢大佬

乐平 发表于 Post on 2025-11-28 17:22:24

老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（VMD, GaussView, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学键，只是显示的连接方式而已。说得更极端一些，根本就没有“化学键”这种物质！“化学键”不是可测量的物理量。

最最本质上是原子间的距离。任何图形显示软件都是通过原子间的距离来“判断是否连接，显示'化学键' 而已”。

VDM 里，CPK 显示模式，如果第一帧如果没有连上，那么后续所有帧都不会连。

如果你想统计键长，写脚本。

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