求助：Amber构建非标准残基时如何去除残基多余原子

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发布时间: 2025-12-2 10:44

本帖最后由 crush 于 2025-12-2 10:43 编辑请问各位老师有没有看过Amber官网的构建非标准残基教程，其中第三小结Section 3在构建非标准残基库时，需要将这个非标准残基的多余原子剔除，因为这些原子在氨基酸脱水 ...

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crush 发表于 Post on 2025-12-3 10:59:49

beyond 发表于 2025-12-2 18:24
Amber的力场文件里面都定义好了H原子的
这里说的剔除H原子，应该是在PDB文件中删除H原子吧，剔除是避免H原 ...

您好，这不是单纯的删除PDB文件中的氢原子，我觉得他是在定义非标准氨基酸的模板。而且，我在后面按照官网的文件操作完，tleap并不会自动补全那个被删掉的H原子

beyond 发表于 Post on 2025-12-2 18:24:50

Amber的力场文件里面都定义好了H原子的
这里说的剔除H原子，应该是在PDB文件中删除H原子吧，剔除是避免H原子的 atom name
在pdb与参数文件中不同，而导致冲突生成不了topology文件

在pdb文件在删除了H，在生成topology文件的时候，leap会自动补上的

crush 发表于 Post on 2025-12-2 15:42:46

18217265596 发表于 2025-12-2 14:22
教程懒得看了如果你实际体系里N上就是有一个氢的你就应该保留这个氢没问题，。

好的，谢谢您的回答。肽键上的N原子一般都是有一个氢原子的，那这个H原子确实应该保留

18217265596 发表于 Post on 2025-12-2 14:22:27

教程懒得看了如果你实际体系里N上就是有一个氢的你就应该保留这个氢没问题，。

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