cheng1 发表于 2025-12-7 23:18
老师，我看大家做吸附时很多都是选择单个被吸附分子作为研究对象，对于我来说想比较同一团簇薄膜对上述两 ...

1 先放几十个试试，两种对映体都放，这样能体现吸附的选择性、竞争性。

2 尽可能接近实际情况，实际估计是什么样就怎么放

3 不可能填满，毕竟不是分子液体。真空区里放一定数目的就完了

sobereva 发表于 2025-12-5 11:28
1 未必。也可以用有限长度的链，只不过此时盒子需要很大，不如当周期性的链来算

2 是

老师，我看大家做吸附时很多都是选择单个被吸附分子作为研究对象，对于我来说想比较同一团簇薄膜对上述两种对映体的吸附性强弱，是否也可以各自选择一个被吸附对映体（图c）作为研究对象？或者说选择多少个图c中分子作为研究对象合适？
2.按您建议选择有限长度团簇链模拟团簇薄膜态时，一个盒子里放几条链？如果使用单个团簇分子（图a）跑平衡态模拟团簇薄膜，一个盒子里是放满还是只放一个团簇分子？
3.有无必要在团簇分子/链平衡态后在Z方向上扩展盒子并填充满被吸附分子（图c）然后跑至平衡态，以模拟真实薄膜-气体之间相互作用？

谢谢老师

cheng1 发表于 2025-12-4 20:13
谢谢社长回答，不过学生仍有一些疑惑。
1.如果使用一维组装体，在CP2k中是不是要考虑x方向的一维周期性 ...

1 未必。也可以用有限长度的链，只不过此时盒子需要很大，不如当周期性的链来算

2 是

sobereva 发表于 2025-12-4 16:02
1 既然都可以通过Au-Au键形成一维组装体，填充的应该是较长（如几十个单元）的链，如聚合度较低的聚合物

...

谢谢社长回答，不过学生仍有一些疑惑。
1.如果使用一维组装体，在CP2k中是不是要考虑x方向的一维周期性？
2.无论是使用单个团簇还是一维组装体，在Gromacs中跑平衡态模拟薄膜结构时是否都应该使用PBC边界条件？

1 既然都可以通过Au-Au键形成一维组装体，填充的应该是较长（如几十个单元）的链，如聚合度较低的聚合物

2 接触的部分显然不能冻结

3 取一些处于接近的结构分别优化，然后取能量最低的进行分析。也可以做退火，取0K的结合状态的典型结构作为优化的初始结构

4 簇是零维（非周期性）的，还怎么可能按照周期性计算。CP2K本身也可以算零维体系。
应当做优化

CP2K能用比力场准确得多的方法（如DFT，哪怕是半经验级别的GFN1-xTB）。可能影响反应位点