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求助MD模拟柔性有机分子时初始构象应当如何选择

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发布时间: 2025-12-3 16:23

正文摘要:

各位老师好,我想通过分子动力学模拟一个有机分子的无定型薄膜结构,这个有机分子有一定的柔性导致气相下有两种构象。 构象1中我关注的两个芳香基团BO和Cz距离较远(分居分子两端),构象2中两个芳香基团BO和Cz距离 ...

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enthalpy 发表于 Post on 2025-12-4 11:16:14
首先,你这22ns 的模拟时长太短了。还有气相(单体)的最低构象未必是凝聚态(聚集体)中最低能量构象,而且其中的单体也可以同时存在多种构象。

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