求助模拟金属离子与水结合结果异常

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发布时间: 2025-12-6 22:40

大佬们好，我在MS中搭建了水和Mn2+的盒子，也有Cl-,两种离子是游离的状态，在MS中跑NVT也没有结合的现象，TIP3P水和Merz先生的参数，结果转成data文件在lammps中跑的时候，竟然出现了这种现象，如图，真的匪夷所思啊 ...

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心碎蛋挞 发表于 Post on 2025-12-16 14:46:43

enthalpy 发表于 2025-12-7 13:15
TIP3P 水模型并不理想，如果只是为了单纯研究MnCl2 的水溶液，用OPC水模型配合相应Merz开发12-6-4 式的Mn离 ...

谢谢！如果以后单纯研究MnCl2 的水溶液会参考你的建议的

心碎蛋挞 发表于 Post on 2025-12-16 14:45:39

Huschein 发表于 2025-12-7 02:55
检查一下确定力场参数里面没有包含配位键其次即使是游离的Mn在水中本来也就是共价配位的并且还需要排除一 ...

应该是显示问题，谢谢！！！

enthalpy 发表于 Post on 2025-12-7 13:15:03

本帖最后由 enthalpy 于 2025-12-7 19:13 编辑

TIP3P 水模型并不理想，如果只是为了单纯研究MnCl2 的水溶液，用OPC水模型配合相应Merz开发12-6-4 式的Mn离子参数会更理想。可以直接在Amber24软件跑，GPU版速度也快，而且还是开源免费的软件。

Huschein 发表于 Post on 2025-12-7 02:55:11

检查一下确定力场参数里面没有包含配位键其次即使是游离的Mn在水中本来也就是共价配位的并且还需要排除一下到底是拓扑的问题还是显示问题

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