Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢？
下 ...

你单位搞错了吧。

Hyi 发表于 2025-12-19 09:41
@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢？
下 ...

我拒绝使用VA$P，不做评论

@sobereva 老师您好，我在算锆基电解质的MSD时，算出来的结果要比文献中高出几个量级 这是什么原因呢？
下面是我的INCAR设置：
###inital ###
SYSTEM = interface-MD
ISTART = 0
ICHARG = 2
NWRITE = 1
#IVDW = 12
IWAVPR =11
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LVTOT = .FALSE.
LVHAR = .FALSE.
LELF = .FALSE.
###Electronic Relaxatio###
ISMEAR =  0            (Fermi(-Dirac) distribution,)
SIGMA  =  0.2        (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM   =  100           (Max electronic SCF steps)
NELMIN =  5           (Min electronic SCF steps)
EDIFF  =  1E-5       (SCF energy convergence; in eV)
GGA = PE
LREAL = Auto
ENCUT = 400
#PREC = Normal
ALGO = Fast
###Ionic Relaxation###
IBRION =  0           (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi)
ISIF = 2
EDIFFG = -0.03
###MD###
NSW    =  5000       (steps)
POTIM = 2             (time step)
IALGO = 48 (the number of atoms > 50, use it)
NBLOCK = 1
KBLOCK =50
SMASS = 0
MDALGO= 2
TEBEG = 1000
TEEND = 1000
###Magnetic paraments###

huangzi 发表于 2025-12-8 16:51
十分感谢老师指导，sob老师，我接着又统计了较短时间段的，发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分 ...

前面说了

MSD曲线越往后统计误差越大

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片的讲解：

sobereva 发表于 2025-12-8 13:06
MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题

十分感谢老师指导，sob老师，我接着又统计了较短时间段的，发现原本在上图0-200ns中算的上升的那一步部分也会在较短时间段模拟中出现峰值然后下降，想问问老师这是什么原因啊？

huangzi 发表于 2025-12-8 10:47
老师的意思是这可能误差导致的吗？我能接着算别的吗？

MSD统计较短时间范围就完了
模拟没必然问题

sobereva 发表于 2025-12-8 02:04
如果你要算扩散系数，MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大

老师的意思是这可能误差导致的吗？我能接着算别的吗？

如果你要算扩散系数，MSD根本没必要统计到200 ns那么长。而且MSD曲线越往后统计误差越大