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膜体系comm-grps设置问题

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发布时间: 2025-12-9 21:32

正文摘要:

本帖最后由 雷阵雨 于 2025-12-9 21:32 编辑 最近在做一个膜+水+小分子溶剂的体系,想要研究溶剂在水中及孔道内的扩散和分布。根据sob老师之前的回帖用的是pbc = xyz,在不对膜加任何位置约束/冻结,comm-grps = ...

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雷阵雨 发表于 Post on 2025-12-15 14:06:46
最近看了一些关于有类似膜体系的多层体系的模拟相关研究,总结了一下跑NPT系综时的.mdp的设置:
integrator               = md
dt                       = 0.002    ;ps
nsteps                   = 25000000  ;50 ns
comm-grps                = MEM SOL
nstlist                  = 10
pbc                      = xyz
periodic_molecules       = yes
rlist                    = 1.2
cutoff-scheme            = Verlet
verlet-buffer-tolerance  = 0.002
coulombtype              = PME
rcoulomb                 = 1.2
vdwtype                  = cut-off
rvdw-switch              = 1.0
rvdw                     = 1.2
DispCorr                 = EnerPres
tcoupl                   = V-rescale
tc-grps                  = system
tau-t                    = 0.1
ref-t                    = 293
pcoupl                   = C-rescale
pcoupltype               = semiisotropic
tau-p                    = 5
compressibility          = 0 4.5e-5
ref-p                    = 1.0 1.0
constraints =  hbonds

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