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过渡态搜索,中间体优化问题

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发布时间: 2017-5-1 21:07

正文摘要:

在寻找氯苯和咔唑反应(SN2Ar反应)的过渡态和中间体时遇到了一些问题,请大家指教。 基础有机化学中这个反应是分两步进行的:第一步生成络合物,第二步氯离子离去。所以会有两个过渡态。 我找到了第一个过渡态, ...

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airyang 发表于 Post on 2017-5-2 14:00:33
用半经验(PM6)得到的过渡态没多可靠,这个大小的分子,搞个4核的机器就可以上DFT很正常的算了。单核windows跑,看着真心酸。

另外,在气相中生成络合物分子那一步一般没有过渡态,很可能是个double-well的势能面,我个人认为就只有SN2发生那一步有过渡态。类似这样:

Double-Well.PNG (83.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

double-well

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staron 发表于 Post on 2017-5-2 13:46:16
liyuanhe211 发表于 2017-5-2 13:42
竟然用PM6。。。
半经验找到的过渡态用DFT都不一定真正存在。B3LYP-D3/6-31G(d)起步

sob课上说可以先用PM6试试,我为了省事就先用PM6试一试。谢谢李博士的回答,保险起见,我还是用学校的服务器吧!{:'
liyuanhe211 发表于 Post on 2017-5-2 13:42:06
staron 发表于 2017-5-2 12:19
我把过渡态输出文件和,拿过渡态跑的IRC输出文件传一下,大家帮我看一下我的过渡态找的对不对。

竟然用PM6。。。
半经验找到的过渡态用DFT都不一定真正存在。B3LYP-D3/6-31G(d)起步
staron 发表于 Post on 2017-5-2 12:19:48
本帖最后由 staron 于 2017-5-2 12:36 编辑

我把过渡态输出文件和,拿过渡态跑的IRC输出文件传一下,大家帮我看一下我的过渡态找的对不对。

NPH-irc-1.out

3.68 MB, 下载次数 Times of downloads: 33

NPH-TS-1.LOG

898.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 25

Sophiaya 发表于 Post on 2017-5-2 12:11:32
你找到的过渡态是什么样的,最好可以贴出来。

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