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Sobtop建立锌离子部位的簇的拓扑出错

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小老弟

发布时间: 2025-12-14 16:45

正文摘要:

本人初入分子动力学领域，目前在学习金属蛋白-配体的分子动力学模拟。目前已完成提取出锌离子部位的簇，利用Gaussian进行结构优化与振动分析，随后转换成mol结构利用sobtop进行拓扑结构的建立，但遇到以下报错，并附 ...

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小老弟 发表于 Post on 2025-12-15 15:29:11

sobereva 发表于 2025-12-15 01:18
这么诡异的结构完全不能给sobtop当输入文件，H和Zn离得那么老远居然还有键

谢谢sob老师!

sobereva 发表于 Post on 2025-12-15 01:18:03

这么诡异的结构完全不能给sobtop当输入文件，H和Zn离得那么老远居然还有键

mol2里不能出现非标准的内容，诸如
15 6 58 Wk 这是gview里标记了虚键（weak）所致
看此文了解格式规范
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）
文中明确说了

并附上优化前的gif文件与优化后转换的mol2文件

那叫gjf

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