Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-24 17:08
社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数 ...

是

sobereva 发表于 2025-12-18 04:35
完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROM ...

社长，我看J. Phys. Chem. C 2020, 124, 22, 11790–11799提供了另外一套AMBER/GAFF2的力场参数，势函数二面角部分与functype=9的普通周期性形式一致（除了幻灯片里的1/2的系数在文献的公式与GROMACS文档的公式里都没有之外），但是同一个二面角有3~5个周期性与势垒均不同的项来描述。如果要将该参数写到GROMACS的拓扑文件里，看GROMACS文档里注释说"Multiple, consecutive parameter entries will generate multiple dihedral potentials"，这个意思是把定义同一组原子内functype=9形式的二面角项的行复制几次再分别改即可在描述扭转时起叠加效果吗？

1. [ dihedrals ] ; propers
   
2. ; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype  phase (Deg.)  kd (kJ/mol) pn     ; Case of functype=9
   
3.     1       2       3       4         9         0.000       0.16381    1     ; O1-S2-C3-F4, literature
   
4.     1       2       3       4         9         0.000       1.26033    2     ; O1-S2-C3-F4, literature
   
5.     1       2       3       4         9         0.000       0.05536    3     ; O1-S2-C3-F4, literature

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soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图所示

，

完全不行。函数形式根本不一样
functype=3是RB形式，=9是普通周期性形式。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页幻灯片：

sobereva 发表于 2025-12-17 02:44
我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴

好的不好意思sob老师，我已手动进行修改编辑，麻烦老师帮我看一眼，谢谢老师！

TFSILi的力场参数应该已经有挺多相关的文献了，而且可极化力场也已经有开发了（https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpclett.4c00791）。对于聚合物如果不需要太精确的力场直接再拟合二聚体的二面角参数就可以了。

soyolalla 发表于 2025-12-16 17:32
sob老师，我目前想引入楼上老师的文献参数，但由于参考文献的二面角如图一所示，并不像functype=9那样（ ...

我不知道哪个是图1、图2
上传图片后必须选择插入，避免顺序错乱。仔细看置顶的社员必读贴

soyolalla 发表于 2025-12-16 14:31
老师我刚看了这个参数文件，tfsi离子不是一个对称的离子吗，怎么硫的原子类型还能出现两种啊？这种结果可 ...

Tf2N-结构里两边的三氟甲磺酰基确实会有排斥，用量子化学方法优化出来的能量最低构象并不是镜面对称的，而对称的构象并不是能量极小点；如果原文作者是基于优化后的结构制作的拓扑文件，当然不能保证完全对称嘛，这种细节就不是问我了。在补充材料里有完整拓扑文件的文献不见得很容易找，实在要获得对称的参数还得多花些功夫（当然找到了也欢迎贴出doi供其他人参考），要么就仍然自己制作。

虽然sy和s6看起来是两种原子类型，但具体有什么差别还得检查文件里的原子电荷、质量以及力场定义里的L-J参数等。视研究目的与精度，直接把比较相近的参数值取平均也未尝不可接受。

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 00:39
社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑 ...

老师我刚看了这个参数文件，tfsi离子不是一个对称的离子吗，怎么硫的原子类型还能出现两种啊？这种结果可靠吗，而且比如说s-c，s-n键长也不相等

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-16 00:39
社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑 ...

不同形式的二面角项可以混用，不用转换

sobereva 发表于 2025-12-15 23:43
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.htm ...

社长，J. Phys. Chem. B 2021, 125, 26, 7231–7240的附录列出了用antechamber生成的GAFF力场的TFSI-拓扑文件，但是其中二面角的functype全是3，这样的拓扑文件可以和sobtop生成的其他functype为2或9的拓扑文件共用于同一体系吗？如何把这种Ryckaert-Bellemans形式的参数等价地换算成普通周期性形式呢？

编辑：该作者的另一篇文章Mater. Adv., 2021,2, 7691-7700的附录除NTf2-外还有OTf-的拓扑文件

soyolalla 发表于 2025-12-15 15:49
老师可以讲解一下如何进行柔性扫描、拟合周期性旋转的势能曲线吗，我有点不太理解

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）
对得到的扫描曲线，自己用Origin或其它方式拟合成扭转势

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-15 14:47
那些C-S-N-S或者O-S-N-S二面角是刚性的还是柔性的？总担心用mSeminario方法得到的谐振势描述会被质疑，可 ...

老师可以讲解一下如何进行柔性扫描、拟合周期性旋转的势能曲线吗，我有点不太理解