@yuechenghua 感谢你的分享，这种方法工作量还挺大的。我最后选择不提前删除原子进行聚合，最后再把多余的原子和拓扑信息删除了

我之前是先找到没饱和的原子的索引，记下来用ase加上的。但问题一是包埋在内部的端基加原子后容易出现重叠，可能还得用soft势跑一下去重叠；再一个是要修改拓扑文件，额外加的原子会和原先就存在的原子有多体相互作用，拓扑也得更新。