如何使用Sobtop创建铁硫蛋白中铁硫簇[Fe2S2]的GROMACS的拓扑文件

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发布时间: 2025-12-17 17:06

本帖最后由 MaYong 于 2025-12-17 17:09 编辑各位老师好，我最近在进行含一个 [Fe₂S₂] 铁硫簇蛋白的分子动力学（GROMACS）模拟，在铁硫簇参数化过程中遇到比较棘手的问题，特来请教。主要参 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-12-19 00:02:34

MaYong 发表于 2025-12-18 15:49
gaussian 输入文件：

%mem=64GB

当前结构完全离谱，截断的地方都没加氢饱和，SCF容易收敛就怪了
优化目的Fe用SDD、配体6-31G*足矣。def2-TZVP单点计算才用得着
当前体系要当反铁磁性耦合体系算，看
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

sobereva 发表于 Post on 2025-12-18 05:33:09

上传Gaussian输入输出文件

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