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求助蛋白和多肽连接运行nvt一直出问题

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发布时间: 2025-12-24 11:23

正文摘要:

老师好,我现在模拟的体系是iii多肽和锆结合后,整体再和蛋白通过巯基链接。力场是amber+UFF,体系中加入了氯化钠确保电中性,但运行nvt一直出问题,求老师解答一下,附件中是gromacs模拟nvt遇到的问题,nvt参数文件 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-12-26 05:21:02
净电荷偏离0只有0.00029的程度可以无视
sobereva 发表于 Post on 2025-12-26 04:49:34
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白和多肽连接” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
HNUST 发表于 Post on 2025-12-25 22:01:18
手动调整一下电荷
Myth 发表于 Post on 2025-12-24 15:45:28
整个系统没有电中性呀,提醒有不为零的静电荷,再仔细检查一下力场文件看看?
student0618 发表于 Post on 2025-12-24 11:53:48
没看到附件及报错讯息。

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