student0618 发表于 2025-12-26 18:38
如果知道可能的结合位点的话可以docking + MM/PBSA讨论，比较两者binding poses及binding free energy。
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好的，非常感谢！！

wqm 发表于 2025-12-26 16:38
草乌甲素和其他类似物来分别跑MD，看能不能进入孔道，请问可以用这样的方式吗

如果知道可能的结合位点的话可以docking + MM/PBSA讨论，比较两者binding poses及binding free energy。

讲究要看整个通道的话，
快的话有些docking based的path finder，不过我试过的工具(caverdock, gpathfinder)都比较老了，目前安装可能较难，处理好技术问题可能MD都跑完了。也可以找些新的工具。
MD的话就增强采样，umbrella sampling、metadynamics等，考察两种分子穿过通道的自由能。

不过注意要说明一件事情“不能发生”是不可能的，只能说较可能/较难等。因为实际上无法测试无限次来证明“不能发生”这事。

student0618 发表于 2025-12-24 19:00
可以的话跑跑MD看看，动态的结合过程 induced fit / conformational selection 或多或少会改变通道口径的。

草乌甲素和其他类似物来分别跑MD，看能不能进入孔道，请问可以用这样的方式吗

可以的话跑跑MD看看，动态的结合过程 induced fit / conformational selection 或多或少会改变通道口径的。