student0618 发表于 2025-12-27 16:33
看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。

好的，感谢

网上答疑时，老看到有人提问时光拿曲线说事，非要靠RMSD曲线或其它曲线猜测是什么情况；而明明有直观的轨迹却不拿VMD看一眼，令我费解。包括量子化学领域也是，老是有人光拿IRC能量曲线，或者能量收敛曲线情况来提问，就是不看结构变化轨迹弄清楚过程发生了什么。

VMD多看看轨迹，看看配体和蛋白的相对位置，有没有发生配体和蛋白的结合什么的。而且VMD可以显示选中蛋白和配体，以氢键模式显示，可以看到有没有氢键。

看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。