跑完动力学，用gromacs自带的gmx sdf，或者VMD的volmap插件，都能得到概率密度格点数据。我之前回复过无数次，论坛首页google框搜索

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “锂离子扩散” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。