先预言一下，你模拟的值可能是偏高很多。
1. NVE下Green-Kubo理论上是最干净的，但是对温度偏移敏感，尤其粘度还是温度的函数。所以可以用一个弱耦合的NVT下采样。调高一下timecon的值。
2. trap(f_SS[i])那块，如果你不控制积分上下限，虽然原理上在噪声区统计值正负抵消，但是更常见的情况是只会随着时间而越来越大。 建议你先找到关联函数衰减为0并且刚开始振荡的t，从0积分到这个t，再看下结果。
3. 具体问题具体分析了，听听其他同行的建议。