1、推荐在做SMD的过程中k常数可以设置得稍微大一些，这样移动距离更好地与模拟时间线性吻合；
2、推荐模拟窗口按照已发表文献设置，我做的方向一般采样要几纳秒；缺少数据可以将histo.xvg文件拖进Origin，全选绘数据图看看哪部分没有重叠；
3、我一般是使用gmx trjconv输出质心（我做的是离子穿过路径的PMF）的坐标，通过Python代码提取每一帧对应的z坐标及其对应的帧数，先通过gnuplot查看一下以帧数为横轴，z坐标为纵轴的曲线，然后再用Python设定每0.1 nm（我自己做的体系已发表文献常用窗口间隔）来提取z坐标对应的帧数，然后输出成对应的con*.gro文件，然后复制进US脚本内。

Umbrella sampling的好处是哪个点采样不足直接补窗口就可以，不用全部重跑。

先看Histogram重叠，哪点缺了就补那个窗口。


btw 有些论点是protein-ligand体系的话，直接拉伸的umbrella sampling不足以采样"natural unbinding pathway"，可能要考虑一下相关的审稿意见。