李放 发表于 2026-1-4 18:10
好的，感谢解答。
2.  &OT
        MINIMIZER  CG    # 用DIIS会快点

multiplicity, 不是这样试的，那个能跑选哪个
模拟开始前，就应该确定好，Cu2+是2， Cu+是1

beyond 发表于 2026-1-1 07:40
QMMM, 步长一般都是1fs，或者0.5fs， 因为QM atoms没法使用bonds constraints，
一天跑4-5 ps，速度还可以 ...

好的，感谢解答。
2.  &OT
        MINIMIZER  CG    # 用DIIS会快点
      &END OT
我开始是用的DISS，但是跑了一段时间就出现以下报错，然后改为的CG
*  [ABORT]
*   \/
*   Cholesky decomposition failed. Matrix ill conditioned ?
*   |
*   0/|
*  /| |
* / / \
问题2. 体系中有一个Cu离子，这样的话，multiplicity不一定是1， 需要检查一下，有可能需要用到UKS，那样速度估计要再降一半左右
关于Cu离子，multiplicity最初是设定为2，但是会出现不匹配报错，后续改为1正常运行，猜测可能是因为QM区域Cu的3个配位原子存在所影响。

QMMM, 步长一般都是1fs，或者0.5fs， 因为QM atoms没法使用bonds constraints，
一天跑4-5 ps，速度还可以，2个节点的提速一般在30-50%，看你资源了

看了一下你的cp2k input，要提速的话，可以考虑以下：
1. NGRIDS 改为4， 一般使用默认的就可以
2.  &OT
        MINIMIZER  CG    # 用DIIS会快点
      &END OT
3. &CELL
      A 26.582 0.000 0.000
      B 0.000 26.582 0.000
      C 0.000 0.000 26.582
      PERIODIC XYZ
    &END CELL

Gromacs/CP2K的默认QM box size一般偏大，QM 区域xyz最长边的1.5还是2.0倍 的立方体，可以考虑缩小一点点，也可以提速一些
自己检查一下，QM box size xyz的两边各留出3 angstrom的空间就可以


4.  nstxout                  = 1                         ; 每 100 步保存坐标数据
nstvout                  = 1                         ; 每 100 步保存速度数据
nstlog                   = 1                         ; 每 100 步输出日志
nstcalcenergy            = 1                         ; 每 100 步计算能量
nstenergy                = 1                         ; 每 100 步保存能量数据
nstxout-compressed       = 1                         ; 每 100 步保存压缩坐标数据

mdp中的这几个参数，也没有必要每步都输出，计算，可以改为5，或者10， 不过估计提速也不会很大

问题：
1. cutoff = 300 Ry， 可能偏小， 需要benchmark一下，400， 或者450， 提高cutoff，并不会增加太多的计算量，
而QM box size对计算量更加敏感。。。
2. 体系中有一个Cu离子，这样的话，multiplicity不一定是1， 需要检查一下，有可能需要用到UKS，那样速度估计要再降一半左右