一眼M$，导入cif后绘制Connolly表面然后调参

有标准化操作。
1. 使用zeo++, 输出PLD, LCD, GCD 以及孔径分布。
2. 使用iRASPA输出体积等值面。

使用Multiwfn计算分子和晶体中孔洞的直径
http://sobereva.com/643

使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539

使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =9331&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

图省事的算法：
1. 给定每个粒子类型的半径
2. 在空间中展开如1000x1000x1000的格点
3. 对于每个格点，如果与任何粒子的距离都大于等于其半径（考虑周期性），认为是空穴格点，得到空穴格点列表
4. 从任意空穴格点开始，创建空穴实例，递归搜索ID与之相邻的空穴格点（x+1,x-1,y+1...），将其加入空穴实例（也就是BFS或者DFS算法）
5. 对所有空穴实例，输出其坐标边界，或计算体积/等效的半径。